In de daaropvolgende jaren werd Galilei's werk dan ook in sterke mate door deze beslissing beïnvloedt. Zijn hele intellectuele strategie was er op gericht een zodanig geestelijke klimaatsverandering aan te brengen, dat de afwijzing zou kunnen worden herzien, geraltiveerd en uiteindelijk worden teruggenomen. Op korte termijn - dus tijdens zijn leven - is Galilei daar niet in geslaagd. Ondanks grpote behoedzaamheid is hij verstrikt geraakt in de netten van de Inquisitie. Hij begon dan ok een strijd, die, zoals Stillman Drake terecht opmerkt, hem in groot persoonlijk levengevaar bracht, terwijl zijn tegenstanders niet alleen in volkomen veilige omstandigheden te werk konden gaan, maar zels het vooruitzicht hadden er eer aan te behalen. Op langere termijn geldt juist het tegenovergestelde: het risico voor de kerk is maar al te duidelijk geworden.
Eerst in 1623 verschijnt Galilei's volgende werk. Men spreekt daarom wel eens van 'de 7 jaren van stilzwijgen', die op het decreet van 1616 gevolgd zouden zijn. Geheel juist is deze aanduiding niet, want met zijn boek van 1623 vervolgt Galilei een strijd, tot welke het ontstaan ervan hij zelf had bijgedragen. Wat was immers het geval? In 1618 verschenen er 3 kometen aan de hemel. De eerste werd nauwelijks opgemerkt, maar de beide anderen waren beiden indrukwekkende verschijningen. Men betudeerde ze zo goed mogelijk, zowel met het blote oog als met de telescoop en trachtte door het meten van de parallax dee afstand tot de aarde te bepalen. De zou namelijk in een belangrijk meningsverschil de beslissing kunnen brengen.Volgens Aristoteles was de komeet een atmospherisch verschijnsel en behoorde dus tot het ondermaanse; Tycho Brahe echter had bij de vorige komeet geen duidelijke parallax kunnen vaststellen en meende daarom dat hij zich in de sfeer van de sterren bevond. Ook bij deze nieuwe komeet vond men maar een kleine parallax. In een korte verhandeling voor het Collegio Romano zette Horatio Grassi, één der wiskundigen van dit gezelschap, uiteen dat men op
de grond daarvan de komeet tussen maan en zon
moest denken. Grassi basseerde zich, zonder dit
uitdrukkelijk te vermelden, op het kosmische stelsel van Tycho Brahe, dat de uitweg voor de moeilijkheden van de astronomie moest bieden nu het Copernicaans stelsel verboden was. Het bood een bemiddeling tussen en nieuwe inzichten. Brahe liet alle planeten rond de zon roteren en dit gehele systeem weer om de aarde. Galilei heeft dit comprmis nimmer willen aanvaarden en liet dan ook geen gelegenheid voorbij om Tycho Brahe te bekritiseren. Galilei was zelf niet in de mogelijkheid geweest om de kometen waar te nemen. Reumatische aandoeningen, waaronder hij bijna zijn gehele verdere leven heeft geleden, bonden hem aan zijn bed. Hij zag echter in van hoe groot belang de kometen waren als inzet van een discussie over de aarde van de natuurwetenschap. In de eerste plaats stonden ze in ieders belangstelling. Voorts zouden allerlei methodische problemen ongedwongen aan de orde kunnen worden gesteld. Toen dan ook zijn leerling en vriend Mario Guiducci als consul van de Florentijnse Accademie voor het lopende jaar een voordracht houden moest, bood zich een welkome gelegenheid aan daarin de oudere en nieuwe inzichten aangaande kometen ter sprake te brengen. De Accademie stelde als eis dat het onderwerp op verzorgde wijze in de landstal zou zijn opgesteld. Uit teruggevonden manuscripten blijkt dat Guiducci zowel wat het onderwerp als de taalbeheersing betreft zich grotendeels op Galilei heeft verlaten: zijn rede is praktisch geheel door Galilei op papier gezet. Later zal Galilei steeds het auteurschap ontkennen, maar dat behoorde nu eenmaal tot de regels van het spel.
Tussen de geschriften van Grassi en Guiducci bestaan reeds taalkunidg duidelijke verschillen. Voor een deel zullen die zijn voorgekomen uit de presentatie in verschillende kring en de daar heersende gebruiken. Maar er is ook een verschil in geestesgesteldheid. Grassi spreekt vanuit het besef van autoriteit, aan zijn vermaarde college eigen; Guiducci beroept zich op het gezonde verstand. De ene wil onderwijzen, de andere onderwezen worden. Grassi's betoog - kort en scherpzinnig - bevat voor het grootste deel wiskundge uiteenzettingen over de bepaling van de parallax, voor een kleiner deel fysische argumenten. De eerste zijn goed doordacht, de tweede meestal fout, ondoordacht en onkritisch. Opvallend is dat Grassi geen gevoel heeft voor benaderende berekeningen en bv. de inhoud van de komeet tot op één tienmiljoenste procent nauwkeurig uitrekent. Hij is een wiskundige, wiens fysisch inzicht typische trekkken van de voorafgaande tidj vertoont. Deze trekken zullen in zijn tweede schrift nog veel duidelijker voor de dag komen: in wezen neemt men de fysica niet geheel ernstig. Het begrip 'exactheid' blijft aan de wiskunde voorbehouden. Dit alles komt het scherpst uit in de wijze waarop fysische inzichten verdedigd en bekritseerd worden. Eigenlijk doet de echte natuurwetenschappelijke kritiek pas met Galilei zijn intrede. Guiducci's geschrift ademt een andere geest. De taal is eenvoudiger en directer, het aureool van geleerdheid is verdwenen. Guiducci's geschrift is trouwens niet enkel als bestrijding van dat van Grassi bedoeld. Hij wilde graag de gangbare opvattingen aangaande kometen eens onder een ander daglicht stellen en de eisen om onderzoekingen te stellen duidelijk te maken. Voor onze hedendaagse smaak is zijn 'Verhandeling over kometen' nog zakelijk, een zeer levendige maar al aanvaardbare vorm van kritiek. Maar in die tijd bestond er nog geen algemeen aanvaarde vorm van wetenschappelijk gezag en van formulering van uitspraken in overeenstemming met dit gezag. Daardoor krijgt de controverse vaak zelf een persoonlijk tintje. De gemeenschappelijk aanvaarde grondslagen ontbreken. Men betwiste elkaars conclusies, theorieën en uitgangspunten. Bovendien mogen we het verbod op het Copernicaanse stelsel niet vergeten.
Horatio Grassi schreef een geweer, onder het pseudoniem Lothario Sarsi, namelijk het volgende: De astronomische en filosofische weegschaal' - 1619. In die tijd was de pennestrijd voor een deel een spel - zo had men de gelegenheid om spitsvondige uitspraken en zo op papier te kunnen zetten en publiek te maken - maar toch klinkt er in zijn werk een ondertoon van boosheid door, hij zinspeeld op het verbod van de Copernicaanse leer en suggereert dat Galilei het systeem nietzo resolut verwerpt als hij de kerk wil doen geloven. De kerkelijke beslissing beïnvloedde hier de gehele 'vrije' wetenschappelijke discussie. Galilei besloot uiteindelijk toch te antwoorden, aarzelde lang in welke vorm hij dit zou doen. Sarsi had zich immers door middel van Guiducci tot Galilei personlijk gericht, zou hij nu ook Grassi's pseudoniem vernietigen? Hij besloot tenslotte de 'leugen' te behouden en beschouwde de onbekende Sarsi als een leerling van Grassi en het auteurschap van Guiducci werd eveneens gehandhaafd. Wij zien dat Galilei weer het antwoord als een soort spel zag - hij genoot van het schrijven voor een groot publiek, meer dan van zijn verweer tegen zijn 'tegenstander'. Toch verklaart dit niet voldoende de bedoeling en betekenis van dit werk. Waarom zou Galilei er zoveel tijd ingestoken hebben? De publicatie was immers in 1623 - vier jaar na de oorspronkelijke aanval van éne Sarsi. Ongetwijfeld heeft een ziekte - een vertrouwd verschijnsel in Galilei's leven - de zaak vertraagd. Alleen door te opperen dat hij hier iets essentieels probeert te zeggen verklaart de toewijding waarmee Galilei dit boek geschreven heeft. Het boek verscheen onder de Lincei en had als titel: 'Il Saggiatore' - wat vertaald zoveel betekent als 'het Goudschaaltje' of 'De keurmeester' (van goud) die veel fijner en nauwkeuriger een gewicht kan wegen dan met een gewone weegschaal mogelijk is.
De 'Saggiatore' volgt fantasieloos iedere pericoop van Grassi's alias Sarsi's werk en geeft een doorlopend commentaar - wat het verbrokkeld en moeilijk leesbaar maakt. De te weerleggen beweringen van Sarsi's staan op een verschillend niveau: Galilei weet zelf ook niet alles - bovendien komen in dit boek geen nieuwe ontdekkingen voor. Als wetenschappelijk werk heeft het bijgevolg geen betekenis. Maar voor het verkrijgen van een inzicht in het methodisch en wijsgerige gezichtspunt in het daarentegen zo goed als onmisbaar. Men heeft het wel eens Galilei's wetenschappelijk testament genoemd, omdat hij eigenlijk de vraag welke de juiste naturwetenschappelijke methode is, behandeld. Doorheen het boek vindt Galilei plaats om de zogenaamde wetenschappelijk intuïtiet te vermelden. Galilei wil dus geen correct en wetenschappelijk betoog er van maken, hij kende datgene wat later door Pascal als de esprit de finesse zal omschreven worden. De gewone mens laat zich niet overtuigen door een sluitend betoog; hij laat zich meeslepen, verrassen en boeien. Zo probeert Galilei iets te schrijven dat voor iedereen het goed recht van de nieuwe wijze van denken over de natuur kan duidelijk maken. Hij schreef het boek in de overtuiging dat er een nieuwe tijd aanbrak en schreef het dus alleen maar voor tijdsgenoten.
In 1623 werd kardinaal Maffeo Barberini - alias Zijne Hoogheid Urbanus VIII - de pauselijke afgezant van God op aarde. Hij was een persoonlijke vriend van Galilei en tevens een liefhebber van kunst en wetenschappen. De Lincei - waar Galilei zijn laatste boek had bij uitgegeven - verwachtten een heilzame koerswijziging met betrekking tot de fatala beslissing in het jaar des Heren 1616 - het verbod op het systeem van Copernicus. Inderhaast wer de 'Saggiatore' aan de nieuwe paus opgedragen. Galilei had veel succes met zijn boek - ook de paus zelf betuigde zijn instemming - en zo scheen zich een klimaat te ontwikkelen dat voor het terugkomen op het decreet van 1616 gunstig was.